Kabupaten Minahasa Utara terbentuk pada Tahun 2003 dengan Undang-Undang Nomor 33 Tahun 2003 dibawah pimpinan Bupati Minahasa Utara, VONNIE ANNEKE PANAMBUNAN dan Wakil Bupati Minahasa Utara SOMPIE S.F. SINGAL. Bupati Minahasa Utara dibantu oleh perangkat daerah yang terbentuk berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 8 Tahun 2003 tentang Pedoman Organisasi Perangkat Daerah yang selanjutnya dijabarkan dengan Peraturan Daerah Kabupaten Minahasa Utara Nomor 17 Tahun 2005 tentang Pembentukan Susunan Organisasi Dinas Daerah Kabupaten Minahasa Utara dan Peraturan Daerah Nomor 18 Tahun 2005 tentang Pembentukan Susunan dan Organisasi Lembaga Teknis Daerah Kabupaten Minahasa Utara.
Organisasi Inspektorat yang masih bernama Badan Pengawas dibentuk dengan Peraturan Daerah Nomor 18 Tahun 2005 yang kemudian, berdasarkan Peraturan Daerah tersebut disusunlah uraian tugas Badan Pengawas dalam Peraturan Bupati Minahasa Utara Nomor 40 Tahun 2006 tentang Tugas Pokok dan Fungsi Lembaga Teknis Daerah. Diawal pembentukannya ini, Inspektorat dikepalai oleh Inspektur Dra. MAREYKE A. DENGAH, MSi, NIP. 195506071985032004.
Struktur Organisasi Badan Pengawas adalah Inspektur yang dibantu oleh seorang Sekretaris, dan 4 (empat) orang Kepala Bidang. Sekretaris dibantu oleh 3 (tiga) Kasubag yaitu Kasubag Umum, Kasubag Perencanaan, dan Kasubag Evaluasi dan Pelaporan. Sedangkan Kepala Bidang dibantu oleh masing-masing 3 seksi pengawasan yaitu seksi pengawasan pemerintahan, seksi pengawasan pembangunan dan seksi pengawasan kemasyarakatan.
Tahun 2007, terjadi perubahan Peraturan Pemerintah tentang Organisasi Perangkat Daerah yang ditandai dengan dikeluarkannya Peraturan Pemerintah Nomor 41 Tahun 2007 tentang Organisasi Perangkat Daerah yang kemudian diikuti dengan Perubahan Peraturan Daerah untuk Badan Pengawas menjadi Inspektorat dalam Peraturan Daerah Kabupaten MInahasa Utara Nomor 5 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Inspektorat. Peraturan Daerah ini dijabarkan lebih lanjut dengan Peraturan Bupati Minahasa Utara Nomor 8 Tahun 2009 tentang Uraian Tugas dan Fungsi Inspektorat. Pada awal tahun 2008 ini, Inspektorat dipimpin oleh, Inspektur MAX V. KEWAS, SH; NIP. 560009837, dimana Struktur organisasi Inspektorat menjadi: Inspektur yang dibantu seorang Sekretaris dan 4 (empat) orang Inspektur Pembantu Wilayah (Irbanwil). Sekretaris dibantu oleh 3 (tiga) Kasubag yaitu Kasubag Umum dan Administrasi, Kasubag Perencanaan serta Kasubag Evaluasi dan Pelaporan. Tahun 2008 ini juga terjadi pergantian Bupati Minahasa Utara menjadi SOMPIE S.F. SINGAL, MBA dengan Wakil Bupati Minahasa Utara YULISA BARAMULI, SH.
Tahun 2010, terjadi pergantian Inspektur dari MAX V. KEWAS, SH diganti kembali oleh Dra. MAREYKE A. DENGAH, MSi, NIP. 195506071985032004. Dan pada Tahun 2012, terjadi penggantian Inspektur menjadi FRITS F. SIGAR, SH.MM, NIP. 195501161979111004. Di Tahun yang sama yaitu Tahun 2010, terjadi Pemilihan Kepala Daerah dimana pemerintahan sementara dipimpin oleh Pnj. Bupati Minahasa Utara Drs. RUDY R. UMBOH,. Pemilihan Kepala Daerah tersebut kembali dimenangkan oleh Drs. SOMPIE S.F. SINGAL, MBA. Pada tahun 2013, Terjadi perubahan perangkat daerah dengan Perubahan nomenklatur beberapa organisasi perangkat daerah sehingga Peraturan Daerah Kabupaten Minahasa Utara Nomor 5 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Inspektorat diganti menjadi Peraturan Daerah Nomor 7 Tahun 2013 yang kemudian dijabarkan lebih lanjut dengan Peraturan Bupati Minahasa Nomor 19 Tahun 2013 tentang Uraian Tugas dan Fungsi Inspektorat. Kemudian pada Tahun 2015, terjadi penggantian Inspektur karena masa purnabakti FRITS F. SIGAR, SH.MM diganti oleh Plt. ROBBY PARENGKUAN, SH. Masa ini pula terjadi penggantian Bupati Minahasa Utara dalam rangka Pemilihan Kepala Daerah oleh Pnj. Bupati Minahasa Utara Ir. HERRY ROTINSULU.
Tahun 2016, terjadi pergantian Bupati Minahasa Utara dari SOMPIE S.F. SINGAL, MBA menjadi VONNIE ANNEKE PANAMBUNAN dengan Wakil Bupati Minahasa Utara Ir YOPPIE LENGKONG. Inspektorat pun mengalami pergantian menjadi definitif Inspektur UMBASE MAYUNTU, S.Sos.MSi.NIP 196703281986021001. Terjadi pula pergantian struktur organisasi berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016. Tentang Perangkat Daerah Terbentuklah Peraturan Daerah Nomor 5 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Kabupaten Minahasa Utara dijabarkan lebih lanjut dengan Peraturan Bupati Minahasa Utara Nomor 72 Tahun 2016 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi Serta Tata Kerja Inspektorat Tipe B Kabupaten Minahasa Utara dimana Terjadi perubahan dalam organisasi Inspektorat, dimana berdasarkan Peraturan Daerah dan Peraturan Bupati ini Struktur Organisasi Inspektorat menjadi: Inspektur dibantu oleh seorang Sekretaris dan 3 (tiga) orang Irbanwil. Sekretaris dibantu oleh 2 (dua) orang Kasubag, yaitu Kasubag Umum dan Administrasi serta Kasubag Perencanaa, Evaluasi dan Pelaporan. Sejak Tahun 2013, Inspektorat Kabupaten Minahasa Utara dalam melaksanakan tugas pengawasan dibantu oleh Pejabat Pengawas Urusan Pemerintahan Daerah atau Pejabat Pengawas dan Auditor.